Nous sommes en CE 77, 4 ans ont suivit la seconde guerre opposant les Plant's et la Terre. Les deux nation ont signer un traité et chacun s'engage à comprendre l'autre ce qui garantira une paix durable.
On proposa à Lacus Clyne de reprendre le poste de présidente des Plant's mais celle-ci refusa et préféra mener une petite vie bien tranquille avec Kira Yamato, dans l'orphelinat sur Orb. Cagalli Yula Athha est quant à elle, restée dirigeante d'Orb et fait maintenant tout son possible pour ne pas reproduire les erreurs passée, aidée pas Asran Zala qui lui aussi veille à ne pas reproduire ses erreurs.
Shinn Asuka quant à lui est devenu commandant de l'armée de Zaft et il compte bien le rester. L'EAF semble avoir trouver un chef à sa mesure qui n'est pas parfait mais qui est toujours mieux que les précédant.
Ce que les nations ignoraient, c'est que sur l'ancienne colonie Mendel, se trouvait maintenant une véritable ville qui abritait en son sein une ville et des installation armée sophistiquée. Les travaux sur cette colonie ont été entreprit durant la seconde guerre et sont aujourd'hui terminer. Les responsables ? Les Extended. Ils en avaient assez de travailler pour l'EAF et ce sont rebeller emmenant avec eux des enfants Naturel pour leur faire subir le même traitement qu'eux ont subit. Une véritable armée est donc aujourd'hui en place et le Président de tout ces Extended est bien décidé à conquérir la Terre et les Plant's en anéantissant les deux races, Naturel et Coordinateur. Parmi les membres de la colonie, on retrouverait les Extended ayant participer à la première guerre mais aussi ceux ayant participer à la seconde, leur cadavre avait été récupéré et ils avaient été recréer, gardant tout leur souvenir.